1、组织架构不同。中统全名中国国民党中央执行委员会调查统计局；军统全名国民政府军事委员会调查统计局；保密局全名国防部保密局。

2、职能范围不同。中统主要负责监管国民党机关内部，打击其他政党；军统主要负责收集军事情报；保密局主要负责组织对政要、富商的监视、暗杀等活动。

3、领导人不同。中统的领导人为陈果夫、陈立夫和张厉生；军统的领导人为戴笠；保密局的领导人为毛人凤。

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