学校前身是创建于1926年9月的哈尔滨医学专门学校和1931年11月在江西瑞金创建的中国工农红军卫生学校；在1949年4月，哈尔滨医科大学与中国医科大学一、二分校合并，组建成新的哈尔滨医科大学；1956年6月，学校更名为哈尔滨医学院；1958年4月的时候卫生部将哈尔滨医学院移交给黑龙江省领导。在11月的时候学校恢复哈尔滨医科大学的校名。

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