巴旦木仁是扁桃仁，扁桃是蔷薇科桃属植物，而杏仁是杏树的种仁，杏树是蔷薇科杏属植物，因此两者树种不一样。一般来说扁桃种仁较大，而杏仁较小；如果带壳的话，扁桃种壳粗糙而凹凸不平，有很多蜂窝状小孔，而杏仁种壳光滑；从种仁形状来看，扁桃仁为长卵圆形，而杏仁偏三角形，较短。

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