1982年，由教育部创办，联合国儿童基金会予以资助支持，初名“南京特殊教育师范学校”，隶属教育部管理。

1997年，学校划归江苏省人民政府管理。

2002年，升格为大专院校，更名为“南京特殊教育职业技术学院”。

2009年，成为中国残疾人联合会和江苏省人民政府共建单位。

2013年，经教育部批准，学校筹建“南京特殊教育师范学院”。

2015年，升格为普通本科高校，更名为“南京特殊教育师范学院”。

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