蓝藻是蓝细菌。但是蓝藻不是细菌，蓝藻之所以又称蓝细菌，是因为蓝藻是最原始、最古老的藻类，其结构简单，无典型的细胞核，所以又称蓝细菌。蓝藻属于原核生物，即只有原始的细胞核分散在原生质体内。

蓝藻包括蓝球藻、颤藻、念珠藻等，蓝藻分布十分广泛，遍及世界各地，但大多数（约75%）淡水产，少数海产；有些蓝藻可生活在60～85℃的温泉中；有些种类和菌、苔藓、蕨类和裸子植物共生；有些还可穿入钙质岩石或介壳中(如穿钙藻类)或土壤深层中。

蓝藻的繁殖方式有两类，一为营养繁殖，包括细胞直接分裂（即裂殖）、群体破裂和丝状体产生藻殖段等几种方法，另一种为某些蓝藻可产生内生孢子或外生孢子等，以进行无性生殖，孢子无鞭毛。至2018年尚未发现蓝藻有真正的有性生殖。

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