环境学院的前身可追溯到上个世纪七十年代，在著名水利科学家张书农教授的倡议下，经水利部批准于1978年成立了河海大学环境水利科学研究所；1986年招收环境工程专业本科生，1988年成立了环境工程系；1994年环境工程系与当时的环境水利科学研究所合并成立了环境科学及工程学院。1995年环境科学及工程学院与水文水资源系合并成立了水文水资源及环境学院。2002年学校院系调整，再次成立环境科学与工程学院。2009年更名为环境学院。目前环境学院已经成为河海大学学科综合实力最强的学院之一。

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