教育部抽检本科论文是通过随机抽取的方式进行的。具体流程如下:1.教育部学位与研究生教育发展中心(简称“学位中心”)建立“全国本科毕业论文抽检信息平台”(简称“抽检平台”),用于全国本科毕业论文抽检工作的信息化管理和信息反馈。

2.省级教育行政部门通过抽检平台，基于本地区学士学位授予信息和随机抽取的方式，确定抽检名单。抽检比例原则上应不低于2%。3.抽检平台提供论文上报、抽取、评议等功能，用于加强和改进教育督导评估监测，保证本科毕业论文抽检工作的准确性和公正性。4.被抽检的本科生毕业论文将在抽检平台上进行公示，并进行评议。评议内容包括论文的质量、研究方法、数据分析等。5.抽检结果将在抽检平台和教育部官网上进行公布，并对抽检过程中出现的违规行为进行处罚。

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