不是。二者主要区别是，性质不同、位置地址不同、车站规模不同，具体如下：

一、性质不同

1、南京汽车客运站

南京汽车客运站，是国家一级公路汽车客运站。

2、南京南站

南京南站是南京市境内铁路车站。

二、位置地址不同

1、南京汽车客运站

位置地址：南京市玄武区红山路1号。

2、南京南站

位置地址：南京市雨花台区玉兰路98号。

三、车站规模不同

1、南京汽车客运站

南京汽车客运站占地面积约4.95万平方米，共设置发车位43个，下客位14个，长途停车位173个。

2、南京南站

建筑面积：73万平方米（截至2019年12月）。站台规模：15台28线（截至2019年12月）。

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