南京共计51所大学，其中本科学校34所，专科学校17所，有南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、南京工业大学、南京邮电大学、河海大学、南京林业大学、南京信息工程大学、南京农业大学、南京医科大学、南京中医药大学、中国药科大学、南京师范大学、南京财经大学、江苏警官学院、南京体育学院、南京艺术学院等。

1987年，南京财贸学院改为南京审计学院，由国家审计署与南京市联合办学，1990年，南京审计学院开始实行由国家审计署、江苏省和南京市共同领导，以国家审计署为主的领导管理体制。1998年，南京化工大学、南京经济学院、南京机械高等专科学院、南京动力高等专科学校等4所中央有关部委管理的高校划转江苏省管理。之后这4所高校均享受省属高校的一切待遇，根据江苏省现代化建设的需要和学校的办学实际，调整学科专业结构和科研方向，为省、市经济和社会发展作出了较大贡献。

2000年，河海大学、南京农业大学、中国药科大学由中央有关部门管理，划转为教育部管理；南京林业大学、南京建筑工程学院、南京审计学院、南京邮电学院、南京气象学院、南京电力高等高等专科学校、南京金融高等专科学校从由中央有关部门管理，划转为由江苏省管理。另外由江苏省政府与中央有关部委共建的普通高校共有4所，分别是南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学。

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